冷藏集裝箱的水果的低設定溫度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷凍貨物通常被認為是“惰性(inert)”貨物，一般在-18℃（0°F）或更低溫度下運載。既然冷藏和冷凍貨物都是易腐爛的，就注意確保這類貨物以佳狀態(tài)交付。對于冷藏貨物，除了有限的幾種例外情況（比如肉，巧克力，膠片，化學物品，奶制品，人工氣調儲藏運輸貨物）外，其通風設備通常要保持開啟狀態(tài)。
隨著現(xiàn)代化集裝箱碼頭在世界各地的新建和集裝箱碼頭基礎設施和設備的不斷完善，門到門的冷藏集裝箱運輸為食品冷鏈運營提供廣闊的發(fā)展空間。因為滿載食品、水果或者果汁的冷藏集裝箱可以直接從農場、果園或者加工廠開到超級市場倉庫或者配送中心，而擁有自足或者電力供應系統(tǒng)的冷藏集裝箱本身也是冷藏食品的臨時倉庫，在遠洋貨輪、火車、駁船或者卡車上遠途運輸，尤其是現(xiàn)代化集裝箱船可以把大批水果冷藏箱從拉丁美洲，長途跋涉地運到遠東，中東、北美和歐洲等地區(qū)。
人們常用二手冷藏集裝箱運輸和保存易腐蝕貨物（蛋白質制品或新鮮水果和蔬菜）。在日常使用中，很多人稱它為“凍柜”，誤認為它跟家用冰箱一樣，可以在短時間內完全冷凍貨物并長時間保持。實際上，這種認知是錯誤的，只對了其中一半。
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