認定程序如下： （一）企業(yè)申請 企業(yè)對照本辦法進行自我評價。認為符合認定條件的在“認定管理工作網(wǎng)”注冊登記，向認定機構(gòu)提出認定申請。申請時提交下列材料： 1. 認定申請書； 2. 企業(yè)依法成立的相關(guān)注冊登記； 3. 知識產(chǎn)權(quán)相關(guān)材料、科研項目立項、科技成果轉(zhuǎn)化、研究開發(fā)的組織管理等相關(guān)材料； 4. 企業(yè)高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）的關(guān)鍵技術(shù)和技術(shù)指標、生產(chǎn)批文、認證認可和相關(guān)資質(zhì)證書、產(chǎn)品質(zhì)量檢驗報告等相關(guān)材料； 5. 企業(yè)職工和科技人員情況說明材料； 6. 經(jīng)具有資質(zhì)的中介機構(gòu)出具的企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用和近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發(fā)活動說明材料； 7. 經(jīng)具有資質(zhì)的中介機構(gòu)鑒證的企業(yè)近三個會計年度的財務(wù)會計報告（包括會計報表、會計報表附注和財務(wù)情況說明書）； 8. 近三個會計年度企業(yè)所得稅年度納稅申報表。 （二）評審 認定機構(gòu)應(yīng)在符合評審要求的中，隨機抽取組成組。組對企業(yè)申報材料進行評審，提出評審意見。 （三）審查認定 認定機構(gòu)結(jié)合組評審意見，對申請企業(yè)進行綜合審查，提出認定意見并報小組辦公室。認定企業(yè)由小組辦公室在“認定管理工作網(wǎng)”公示10個工作日，無異議的，予以備案，并在“認定管理工作網(wǎng)”公告，由認定機構(gòu)向企業(yè)頒發(fā)統(tǒng)一印制的“證書”；有異議的，由認定機構(gòu)進行核實處理。 第十三條 企業(yè)獲得后，應(yīng)每年5月底前在“認定管理工作網(wǎng)”填報上一年度知識產(chǎn)權(quán)、科技人員、研發(fā)費用、經(jīng)營收入等年度發(fā)展情況報表。 第十四條 對于涉密企業(yè)，按照國家有關(guān)保密工作規(guī)定，在確保涉密信息安全的前提下，按認定工作程序組織認定。

健全內(nèi)部控制制度 確保研究開發(fā)費用核算歸集的真實、準確。企業(yè)應(yīng)按月對包括直接研究開發(fā)活動和可以計入的間接研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用進行歸集，并填寫企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表。對研究開發(fā)部門的各項費用建立賬冊，進行單核算。具體來講應(yīng)建立如下控制制度 。

建立材料、工裝準備控制制度 財務(wù)部門在每月的月底處理完所有的研究開發(fā)項目的領(lǐng)料單、出庫單。財務(wù)部門和研發(fā)部門每月核對領(lǐng)料情況，財務(wù)部門作為研發(fā)費用記賬依據(jù)的原材料領(lǐng)用單經(jīng)過研發(fā)部門有關(guān)負責人簽署。財務(wù)部門依據(jù)各研究開發(fā)項目的工裝準備費用單據(jù)計算各項目的工裝準備費用。

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